امامزاده شاهزاده زكريا، قم بين روستاى عيسىآباد و ميدانك خلجستان، رود كوچكى جارى است كه در كنار آن، از عمق ۵ مترى تا سطح زمين، سدى آجرى به صورت برجى از سنگ و گچ چيده شده كه بناى موردنظر روى همين سد بنيان گرديده است. اين بنا از خارج به شكل هشت ضلعى و از داخل به شكل چهار ضلعى مساوى به دهانه ۶ و ارتفاع ۹ متر است كه در هر ضلع آن، شاهنشينى (غرفهاي) ساخته شده است و از هر يك از شاهنشينها نيز درى يا دريچهاى به خارج گشوده مىشود.
جدار داخلى بقعه سفيدكارى شده و به نقاشىهاى رنگآميزى مزين است كه در مواضع مختلف در جرز و اسپر آن، كاشىهاى خشتى منقش و هفت رنگ قديمى به كار بردهاند و چنين به نظر مىرسد كه اين كاشىها هم از بقاياى كاشىهاى ازاره يا مرقد هستند. در جلوى بقعه زير ايوان، درى دو لنگه با كتيبههاى منبت، تنكههاى قابسازى و گرهكشى قديمى نصب گرديده كه از آثار عصر صفويه است و در ميانهٔ اكثر قابهاى آن، نام «علي» به خط ثلث برجسته خوانده مىشود.
برفراز بقعه، گنبدى شلجمى شكل و زيبا از آثار عهد صفويه به قطر و ارتفاع ۱۰ متر با عمق ۵ متر و استوانهاى از آجر تراش و تاركى آراسته به كاشىهاى الوان دوالى و كلوكى است كه دور شكم آن، ترنجهايى نزديك يكديگر به طور كمربندى و در ميانهٔ آنها اسامى جلاله و معصومين با كاشىهاى الوان به خط بنايى نقش شده است.